هوس در سال ۱۹۲۲ رسماً از مذهب کاتولیک اعلام انزجار کرده و، بعد از شنیدن یکی از خطابه‌های هیتلر درمونیخ، به حزب نازی پیوست (شماره عضویت ۳۲۴۰). یک سال بعد، او و یارانش به خواسته مارتین بورمان—که بعدها منشی هیتلر شد—کمونیستی به نام والتر کادو را، به بهانه آنکه یکی از شبهه نظامیان عضو نازی را به فرانسوی‌ها لو داده بود، با ضربات تخماق به قتل رساندند.در سال ۱۹۲۳۳، بعد از آنکه یکی از قاتلین جریان  قتل را در روز نامه‌ای محلی افشا کرد، هوس دستگیر شده و بعنوان سرکرده گروه محاکمه شد. او مقصر شناخته شده و به ده سال زندان محکوم شد. در سال ۱۹۲۸، هوس متعاقب یک عفو عمومی از زندان آزاد شد. او به جنبش ملی گرایانه برگشت-به-مزرعه پیوست. در ۱۷ آگوست ۱۹۲۹، هوس با هدویگ هنسل (۱۹۰۸–۱۹۸۹) ازدواج کرد. آنها صاحب دو پسر و سه دختر شدند، که بین سالهای ۱۹۳۰ تا ۱۹۴۳۳ به دنیا آمدند

در سال ۱۹۳۴ هینریش هیملر، که چهار سال قبل‌تر با هوس ملاقات کرده بود، از او برای پیوستن به SS دعوت کرد و هوس پذیرفت.بعد از آن هوس مرید هینریش هیملر شد. در همان سال اول هوس به «واحد جوخه مرگ» منتقل شده ودر ماه دسامبر به اردوگاه کار اجباری داخائو مأموریت یافت، جایی که تئودور ایک رئیسش بود. هوس بعلت لیاقت در انجام وظایفش مورد تشویق قرار گرفت و بعد از چهار سال کار به مقام مدیر اموال زندانیان رسید.در سال ۱۹۳۸۸ هوس درجه سرگردی (SS-Hauptsturmführe) گرفته و در اردوگاه مرگ زاخسنهاوزن (Sachsenhausen concentration camp) آجودان هرمان بارانووسکی (Hermann Baranowskii) شد.

در ماه می۱۹۴۰، هوس فرمانده اردوگاه آشویتس شد. اردوگاه که در اطراف یک پادگان لهستانی قدیمی ساخته شده بود، در مدت فرماندهی ۳٫۵ ساله هوس به یک مجموعه عظیم گسترش یافت. زندانیان اولیه آشویتس روستائیان و روشنفکران لهستانی، و اسرای جنگی روس بودند. در اوج کار، آشویتس سه مقر عظیم و تعدادی زیاد اردوگاه‌های اقماری را شامل می‌شد که در یک محدوده ۸۰۰۰ هکتاری، خالی شده از سکنه، بنا شده بودند. اردوگاه آشویتس۱ مرکز اداری مجموعه بود، آشویتس۲ به قتل و سوزاندن اجساد اختصاص داشت، و آشویتس۳ محل کار اجباری برای صنایع آلمان بود. بنا به اقاریر هوس، او در ژوئن ۱۹۴۱ برای ملاقات باهینریش هیملر به برلین فرا خوانده شد. هینریش هیملر به هوس گفت که هیتلر فرمان ریشه کنی جهودهای لهستانی را صادر کرده است. هینریش هیملرآشویتس را بعلت شولت دسترسی به راه آهن و قابلیت استتار برای این هدف انتخاب کرده بود. هینریش هیملر گفت که قرار شده هوس تمام دستورهای اجرایی را از آدولف آیشمن دریافت کند. هینریش هیملر، بعلاوه، پروژه را «یکی از اسرار نظام» توصیف کرد، به این معنی که هوس تا حد جان خود باید آن را از همه، از جمله زنش، مخفی نگاه می‌داشت.

بعد از بازدید اردوگاه تربلینکا (Treblinka) و مطالعه روش‌های کشتار آدمها در آنجا، هوس در تاریخ ۳ سپتامبر ۱۹۴۱ شروع به مطالعه و بهبود روشهای کشتار وسیع کرد تا بتواند آشویتس را بعنوان موثرترین ابزار «راه حل نهایی» درآورد. بر مبنای گفته‌های هوس، در شرایط کارکرد استاندارد، روزانه ۲ تا ۳ قطار حامل ۲۰۰۰۰ زندانی  وارد آنجا می‌شد. زندانیان در اردوگاه بیرکناو تخلیه می‌شدند، آنهایی که قادر به کار بودند به پادگان بیرکناو برده می‌شدند، و بقیه مستقیماً به اتاق گاز. در آغاز کار تانکرهای کوچک گاز در داخل جنگل، دور از انظار، بودند. بعدها چهار اتاق گاز و یک اتاق جسد سوزی در بیرکناو احداث شد تا بازده و نرخ کشتار را افزایش دهند.^[۹]اتاق‌های گاز در تربلینکا، در آن واحد، قادر به کشتن ۲۰۰۰۰ انسان بودند. یکی از ابداعات هوس آن بود که قربانیان را گول‌می‌زدند که فکر کنند فقط برای استحمام وارد اتاق گاز می‌شوند. بر مبنای اعترافات آیشمن، هوس در اوایل کار از فیلترهای پنبه‌ای آغشته به اسید سولفوریک برای کشتن استفاده می‌کرد. بعدها، اما، او گاز سیانور تولید شده از حشره کش زیکلون ب (Zyklon B) را به کار گرفت، که قربانیان را در ۳ تا ۱۵ دقیقه می‌کشت. هوس گفته است که هینریش هیملر در سال ۱۹۴۲۲ اردوگاه را بازدید کرده و عملیات کشتار را از آغاز تا پایان تماشا کرد. هوس اضافه کرده است که اهالی محل از طریق بوی چندش آور ناشی از کوره‌های آدم سوزی در جریان کشتار قرار گرفته بودند.

در ۱۰ نوامبر ۱۹۴۳، هوس مقام خود را با آرتور لیبهنشل (Arthur Liebehenschel) تعویض کرده به سمت مدیر کل (Amtsgruppe D)، و قائم مقام بازرسی اردوگاه‌ها رسید. در ۸ می ۱۹۴۴ به آشویتس برگشت تا عملیات معروف به "Aktion Höss" را اجرا کند، که در نتیجه آن در یک مدت ۵۶ روزه ۴۳۰۰۰۰ جهود مجاری کشته شدند.بخشی از جنایات این عملیت در کتابی توسط میکلوش نیسزلی (Miklós Nyiszli) توصیف شده است.

در نخستین دادگاهی که در شهر نورمبرگ آلمان برای محاکمه نازی‌ها تشکیل شد، هوس در اقرار نامه خود می‌نویسد:

من تا اول ماه دسامبر ۱۹۴۱ فرمانده اردوگاه آشویتس بودم - اردوگاهی که قریب به ۲٬۵ میلیون نفر در آن از طریق گازهای سمی و کوره‌های آدم سوزی اعدام شدند - ۵۰۰ هزار نفر دیگر هم از گرسنگی و بیماری مردند که کّل تعداد کشته شدگان آن اردوگاه را به ۳٬۰۰۰٬۰۰۰ نفر می‌رساند. این رقم تنها ۷۰ تا ۸۰٪ افرادی بود که به آشویتس فرستاده شدند. مابقی را در قالب برده‌ها و نیروی کار رایگان، در صنایع اردوگاه بکار گرفتیم. در میان اعدام شدگان، ۲۰ هزار اسیر جنگی شوروی هم بودند که پس از بازجویی‌های گشتاپو، توسط کامیون‌های ارتش آلمان نازی به من تحویل داده شدند. سایر قربانیان، شامل ۱۰۰ هزار یهودی دیگر بودند که از آلمان، هلند، فرانسه بلژیک، لهستان، مجارستان، چکسلواکی، یونان و دیگر کشورها به قتل رسیدند. تنها در تابستان ۱۹۴۴، ما ۴۰۰ هزار یهودی مجار را در آشویتس اعدام کردیم…

 

رودلف هس در پای چوبه دار

در آخرین روزهای جنگ، هیملر به هوس توصیه کرد که با تعویض یونیفورم خود را بعنوان عضو نیروی دریایی جا بزند. او به مدت یکسال از دستگیر شدن اجتناب کرد. هنگامی که نیروهای انگلیسی او را  دستگیر کردند، هوس خود را کشاورزی بنام فرانز لانگ معرفی کرد. در واقع، همسرش از ترس آنکه پسرش به شوروی فرستاده شده و شکنجه شود، جای هوس را لوو داده بوددر ۱۵ آوریل ۱۹۴۶۶،  هوس در مقابل دادگاه بین‌المللی نظامی در نورمبرگ حاضر شده جزئیات جنایات خود را توضیح داد. در تاریخ ۲۵ می ۱۹۴۶ او به دادگاه عالی لهستان تحویل داده شد. در طی محاکمه، هنگامی که او را به قتل ۳٫۵ میلیون نفر متهم کردند، هوس واکنش نشان داد، «نه. تنها ۲٫۵ میلیون نفر؛ بقیه از بیماری و گرسنگی مردند.»

با نزدیک شدن ارتش سرخ هُوس گریخت و با نام «فرانز لانگ» در داخل آلمان مخفی شد. در ۱۹۴۶ به وسیله پلیس نظامی متفقین دستگیر شد و تحویل مقامات لهستانی گردید که در ۱۹۴۷۷ او را محاکمه کردند و محکوم به اعدام نمودند. در ۲ آوریل ۱۹۴۷، هوس به اعدام محکوم شد. حکم او در ۱۶۶ آوریل، در مجاورت کوره آدم سوزی اردوگاه سابق آشویتس اجرا شد.

هوس، در زمانی که به انتظار اعدام بود، خاطرات خود را نوشت. این نوشته‌ها در سال ۱۹۵۸ تحت عنوان دلال مرگ چاپ شد'.